1990 yılında İstanbul'da dünyaya gelen Emir Çubukçu, İtalyan Lisesi ardından Mimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi oyunculuk bölümünde eğitim almıştır. 

Arkadaşları ile kurduğu D22 adlı tiyatroda Karabatak, Bent, Yirmi Beş gibi oyunlarda rol almıştır. Emir Çubukçu Karadayı isimli dizide canlandırdığı Osman karakteri ile dikkat çekmiş, ardından 2013 yılında gösterime giren Yarım Kalan Mucize isimli filmde, isyancı karakterini canlandırmıştır.

Emir Çubukçu şimdilerde ise Bana Sevmeyi Anlat adlı dizide canlandırdığı Burak karakteri ile ekranlardadır.